از نظر ساختمان  می توان گفت سپتیک تانک پلی اتیلن مخزنی است که توسط حداقل یک دیواره به دو بخش نامساوی تقسیم شده است. در بخش اول سپتیک تانک پلی اتیلن شرکت ناب مواد و ذرات درشت ته نشین شده و در کف مخزن پلی اتیلن انباشته می شوند. چربی ها و روغن های شناور نیز بر روی سطح مایع درون سپتیک تانک پلی اتیلن تجمع می نمایند.

میکروارگانیسم های موجود در فاضلاب در شرایط بی هوازی بخشی از مواد آلاینده را تجزیه کرده نموده و باعث کاهش بار آلودگی فاضلاب درون سپتیک تانک می گردد. دیواره تعبیه شده بین ناحیه اول و دوم سپتیک تانک پلی اتیلن باعث ممانعت از عبور مواد ته نشین شده و چربی های شناور ناحیه اول به ناحیه دوم می گردد.

بدین صورت پساب زلال شده درون سپتیک تانک پلی اتیلن به بخش دوم منتقل شده و در نهایت پساب سپتیک تانک پلی اتیلن از طریق یک لوله خروجی از مخزن سپتیک تانک بیهوازی خارج می گردد. پساب خروجی معمولاً وارد چاه جذبی می گردد.